Nel mese di aprile 1964 le prime scene del film furono girate in provincia di Viterbo, tra i massi del torrente Chia (che "diventerà" per l’occasione il fiume Giordano nel quale Cristo riceverà il battesimo). La troupe si trasferì quindi in Lucania: la parte antica di Matera (i Sassi) si trasformò in una suggestiva Gerusalemme. Betlemme venne "ricostruita" in un villaggio pugliese. Tra le montagne di Crotone furono effettuate le riprese delle scene del Golgota. 
Per Il Vangelo secondo Matteo Pasolini effettuò la scelta della musiche con la collaborazione di Elsa Morante. Il regista utilizzò in questo caso, vista la sua dichiarata predilezione per Bach, alcuni brani dalla Passione secondo Matteo con i quali il compositore tedesco aveva ripercorso lo stesso cammino che Pasolini avrebbe intrapreso nel film (e, in un certo senso, con lo stesso spirito che ispirerà il film di Pasolini: l’evocazione e la meditazione della morte). 
Dalla Passione secondo Matteo di Bach, oltre al Coro già udito in Accattone, Pasolini utilizza ripetutamente, nel Vangelo, un’Aria (E), originariamente per voce di contralto e orchestra, qui nella versione solo strumentale rielaborata da Ennio Morricone – nelle predicazioni in cui Cristo, una prima volta, parla delle beatitudini (beati coloro...) e ancora, quando raccomanda l’osservanza dei comandamenti oppure l’abbandono delle ricchezze (è più facile che un cammello...); quando si reca a pregare nell’Orto del Getsemani dopo avere rassicurato gli Apostoli (...vi precederò in Galilea...) e subito dopo ammonisce Pietro (...mi rinnegherai...); nel momento in cui prega il Padre perché allontani da lui la morte atroce che l’attende; quando viene processato, condannato a morte, deriso. 
Nel film, un rilievo notevole è dato anche al Gloria della Missa Luba congolese la cui citazione si può ascoltare in apertura del film (già dai titoli di testa); allorché Giuseppe torna alla sua povera abitazione dopo che l’Angelo lo ha illuminato circa il motivo della gravidanza di Maria; quando Cristo compie il primo miracolo; all’entrata in Gerusalemme e nell’ultima scena del film (la tomba è vuota, Cristo è risorto). Un altro compositore di cui si servì Pasolini per il suo Vangelo è Mozart: la Maurerische Trauermusik, K 477 (Musica funebre massonica), rende perfettamente l’atmosfera di "presagio" che si percepisce dopo che Gesù ha reclutato gli Apostoli (...pecore in mezzo ai lupi..., non sono venuto a portare la pace...); in seguito fa da commento alla salita al Calvario. 
Vi è anche un’efficace citazione di Ejsenstejn/Prokofiev (Aleksandr Nevskij) allorché i soldati di Erode compiono la strage degli innocenti e nel momento della terribile fine (la decollazione) provocata da Erodiade e Salomè a Giovanni il Battista. Nel film sono compresi inoltre brani originali di Luis Enrique Bacalov (nelle scene degli indemoniati e di Cristo che prega nell’orto di Getsemani) e di Anton Webern, spirituals e cori russi. 
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Sui riferimenti pittorici vi è da dire anzitutto come sia noto che la scelta di Enrique Irazoqui per la parte di Gesù nel Vangelo sia stata casuale: alla prima occhiata, Pasolini fu certo di aver trovato il "suo" Cristo: lo stesso volto bello, fiero, umano, distaccato dei Cristi dipinti da El Greco. Nei molteplici primissimi piani immobili si può osservare un riferimento ai ritratti di trequarti tipici del tardo Quattrocento (Masaccio, ma anche Carpaccio); per quanto riguarda i farisei e gli scribi, già per le loro vesti sono simili alle figure degli affreschi di Piero della Francesca. Pasolini ha rappresentato Maria incinta appunto come nella figurazione della Madonna del Parto di Piero della Francesca: un volto semplice con le palpebre semichiuse, la ripresa frontale, e un arco sullo sfondo. Un’altra scena ispirata a Piero della Francesca è quella nella quale è ripreso Il battesimo di Cristo. Al posto dei tre angeli di Piero della Francesca vengono posti, sulla sinistra, tre giovani di campagna. Altri elementi che suggeriscono espliciti richiami a Piero della Francesca sono costituiti inoltre dalla ripresa dei farisei, vestiti tutti in modo uguale, dalla carrellata nel baratro roccioso, dal lungo primo piano del volto di Gesù. Molte scene del Vangelo, poi, si "rinviano" l’una all’altra: è la medesima operazione compiuta in cicli di affreschi del Trecento, tra cui quelli di Giotto, nei quali lo scenario paesaggistico e architettonico viene riproposto dall’una all’altra scena. Da Giotto, poi, derivano le raffigurazioni della fuga in Egitto e dell’entrata di Cristo a Gerusalemme. Nella scena di Cristo nell’orto del Getsemani vi sono infine attinenze, sia di postura, sia paesaggistici alle opere omonime di Mantegna e di Giovanni Bellini. 
Rispondendo a un intervistatore sulle differenze e affinità tra Vangelo, Pasolini dichiarerà: "Il [...] contrasto [...] viene fuori nei riferimenti alla pittura: in Accattone c’è soltanto un elemento figurativo, Masaccio, e forse nel fondo Giotto e la scultura romanica, invece nel Vangelo ci sono numerose fonti: Piero della Francesca, negli abiti dei farisei, la pittura bizantina, la faccia di Cristo [...]" (16) 
 

Una nuova stagione nel cinema di Pasolini

Uccellacci e uccellini segnerà un ulteriore passaggio nella storia del cinema di Pier Paolo Pasolini: dai lavori di carattere popolare a opere più problematiche, che culmineranno in Teorema. 
Alla fine di aprile 1965 Pasolini pubblica su "Vie Nuove" tre soggetti cinematografici e invita i lettori a fargli conoscere i loro pareri e osservazioni: tali soggetti sono "L’aigle", "Faucons et moineaux", "Le corbeau", che dovrebbero costituire i temi per un film a episodi intitolato Uccellacci e uccellini. In ottobre iniziano le riprese del film che, già dalla sceneggiatura, si è trasformato però in un film unitario; sarà organizzato del tutto artigianalmente, con un finanziamento minimo e nessun compenso per il regista. 
Inizia, con Uccellacci e uccellini, una proficua collaborazione di Pasolini con Ennio Morricone [vedi foto qui sotto], che collaborerà alla realizzazione delle musiche e al coordinamento musicale del film e anche di successive pellicole pasoliniane: Teorema, Decameron, I racconti di Canterbury, Il fiore delle Mille e una notte, Salò o le centoventi giornate di Sodoma. L’idea di aprire e chiudere il film con dei titoli cantati fu di Pasolini, che scrisse i testi; "la piccola ballata interpretata da Domenico Modugno (F) potrebbe essere considerata, per la ricchezza di soluzioni e di allusioni ironiche e autoironiche a modi, stili, timbri, una sintesi estrema del comporre di Morricone nel cinema". (17) 
Vi sono poi nel film, oltre a un bellissino blues dello stesso Morricone, due citazioni mozartiane, dal Flauto magico (duetto Papageno-Pamina (G); Aria di Sarastro (H), risolte gradevolmente dalla rielaborazione di Morricone, con degli assolo di violino e con l’uso di un’ocarina. 
È pure citata, sempre nella rielaborazione di Morricone, la canzone partigiana, tratta da un motivo popolare russo, Fischia il vento (I) che si ode subito prima della sequenza dei funerali di Togliatti. A loro volta, i funerali di Togliatti, con quella vasta, corale e commossa partecipazione popolare, ma anche con la presenza di personaggi noti dell’epoca, sono un richiamo a un celebre, omonimo dipinto di Renato Guttuso. 
Il sodalizio tra il musicista Ennio Morricone e il regista ci permette di avere una indicazione più che significativa, che riportiamo qui di seguito, sulla "filosofia" che informava la sensibilità di Pasolini rispetto all’inserimento della musica nei film. 

"La musica di un film può anche essere pensata prima che il film venga girato (così come se ne pensano i volti dei personaggi, certi attacchi di montaggio ecc.): ma è solo nel momento in cui viene materialmente applicata alla pellicola, che essa nasce in quanto musica del film. Perché? Perché l’incontro e l’eventuale amalgama tra musica e immagine, ha caratteri essenzialmente poetici, cioè empirici. Ho detto che la musica si ‘applica’ al film: è vero, in moviola l’operazione che si compie è questa. Ma l’‘applicazione’ può essere in vari modi, secondo varie funzioni. 
"La funzione principale è generalmente quella di rendere esplicito, chiaro, fisicamente presente il tema o il filo conduttore del film. Questo tema o filo conduttore può essere di tipo concettuale o di tipo sentimentale. Ma per la musica ciò è indifferente: e un motivo musicale ha la stessa forza patetica sia applicato a un tema concettuale che a un tema sentimentale. Anzi, la sua vera funzione è forse quella di concettualizzare i sentimenti (sintetizzandoli in un motivo) e di sentimentalizzare i concetti. La sua è quindi una funzione ambigua (che solo nell’atto concreto si rivela e viene decisa): tale ambiguità della funzione della musica è dovuta al fatto che essa è didascalica e emotiva, resta un fatto misterioso, e difficilmente definibile. Io posso dire empiricamente che ci sono due modi per ‘applicare’ la musica alla sequenza visiva, e quindi di darle ‘altri’ valori. 
"C’è un’‘applicazione orizzontale’ e un’‘applicazione verticale’. L’applicazione orizzontale si ha in superficie, lungo le immagini che scorrono: è dunque una linearità e una successività che si applica a un’altra linearità e successività. In questo caso i ‘valori’ aggiunti sono valori ritmici e danno un’evidenza nuova, incalcolabile, stranamente espressiva, ai valori ritmici muti delle immagini montate. L’applicazione verticale (che tecnicamente avviene allo stesso modo), pur seguendo anch’essa, secondo linearità e successività, le immagini, in realtà ha la sua fonte altrove che nel principio; essa ha la sua fonte nella profondità. Quindi più che sul ritmo viene ad agire sul senso stesso. [...] 
"In altre parole: le immagini cinematografiche, riprese dalla realtà, e dunque identiche alla realtà, nel momento in cui vengono impresse su pellicola e proiettate su uno schermo, perdono la profondità reale, e ne assumono una illusoria, analoga a quella che in pittura si chiama prospettiva, benché infinitamente più perfetta. Il cinema è piatto, e la profondità in cui si perde, per esempio, una strada verso l’orizzonte, è illusoria. Più pratico è il film, più questa illusione è perfetta. La sua poesia consiste nel dare allo spettatore l’impressione di essere dentro le cose, in una profondità reale e non piatta (cioè illustrativa). 
"La fonte musicale – che non e’ individuabile sullo schermo – e nasce da un ‘altrove’ fisico per sua natura ‘profondo’ – sfonda le immagini piatte, o illusoriamente profonde, dello schermo, aprendole sulle profondità confuse e senza confini della vita." (18) 

Tra maggio e agosto 1969 Pasolini effettua le riprese di Medea (interprete principale Maria Callas [vedi foto qui di seguito]), che riecheggia la tragedia di Euripide. Come nei film precedenti, il regista si propone di rappresentare le storture presenti nel mondo moderno rifacendosi alle analogie presenti in epoca antica. "Ho riprodotto in Medea tutti i temi dei film precedenti", dirà Pasolini. E proseguirà: "Specifico, per inciso, all’intenzione di quelli che la partecipazione della Callas indurrebbe in errore, che non mi riferisco affatto all’opera musicale di Cherubini. Su questo non c’è ambiguità possibile. Quanto alla pièce di Euripide, mi sono semplicemente limitato a trarne qualche citazione.[...]". 

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(16) Nico Naldini, cit. 
(17) Sergio Miceli, Morricone, la musica, il cinema, Ricordi-Mucchi, Modena 1994. 
(18) Pier Paolo Pasolini, "La musica del film", opuscolo allegato all’album discografico Ennio Morricone. Un film una musica, ora in Antonio Bertini, cit.
(19) Nico Naldini, cit.
(20) Ibidem.